扁桃体结石清理的方法，需要根据结石的大小，采用不同的方法。
比较小的结石，耳鼻喉大夫可以使用刮匙或者钳子取出来。个别的、特别深的，可以使用负压吸引器。而比较大的结石，只能在表面麻醉下切开黏膜，用特殊器械取出来，取出以后进行局部消炎治疗，比如含漱液和贴敷的疗法贴在下颌部对应扁桃体的位置。