咳嗽是人体的一种自我防御机制，当感染甲型流感病毒后，病毒会入侵呼吸道上皮细胞，引发广泛的炎症反应，使呼吸道分泌大量的痰液，刺激咳嗽反射，从而造成咳嗽有痰的症状，需对症进行治疗。
中医认为，甲流属“疫病”范畴，出现咳嗽有痰，是因为被外邪侵袭，致肺脏宣降功能失常，气机失调，同时痰液产生阻塞呼吸道，从而出现咳嗽、咳痰的症状。在治疗上，多以宣肺化痰为主，常用药物如连花清咳片，该药具有宣肺泄热、化痰止咳的功效，同时，方中所含半夏、陈皮等成分，能发挥减少呼吸道黏液腺分泌及痰液生成的作用；桔梗、半夏等化痰药可降低痰液黏稠度。尽早选用该药治疗，有助于减少痰液生成、降低痰液黏度、促进痰液排出，有效改善因甲流病毒感染所致的痰液阻滞气管、肺部通气换气功能受阻等问题，并减轻气道炎症反复发作所致肺损伤，改善肺顺应性及呼吸功能。
甲流患者在对症用药的同时，也可适量吃些润肺止咳的食物，如梨、枇杷、绿豆汤等。日常还要多喝温开水，保持咽喉黏膜湿润，可减轻气道刺激，辅助缓解咳嗽。