长期腹泻大便不成形可能是由于肠道菌群失调症、炎症性肠病所致，需根据患者实际情况给予针对性的药物治疗。
肠道菌群失调症是由于肠道菌群组成改变、细菌活性变化或菌群分布变化而引起的病理性状态，其主要临床表现为腹泻（多为水样便或蛋花样便）、腹痛等症。感染性腹泻患者需在医生指导下选用可乐必妥左氧氟沙星片抑制过度繁殖的细菌，同时还需要补充益君康复方嗜酸乳杆菌等扶植正常菌群，使肠道菌群恢复平衡。
炎症性肠病是一类非特异性肠道炎症疾病，主要包括溃疡性结肠炎和克罗恩病，可损伤人体直肠、结肠等胃肠道部位。由于肠道免疫反应异常，免疫系统持续攻击消化道中的正常细胞，从而引起导致肠黏膜发生炎性改变而受损，引起腹泻、大便不成形、腹痛、黏液性脓血便等症状。
对于轻、中症炎症性肠病的患者，可遵医嘱服用氨基水杨酸类药物，如葵花美沙拉嗪肠溶片，可以达到很好的治疗效果。该药物对于IBD（炎症性肠病）及各种肠道炎症有明确抗炎作用，还可调节局部肠黏膜中的花生四烯酸代谢，清除组织中的氧自由基，减轻局部自身免疫应答反应，从而减轻腹泻、大便不成形等症状。