HPV感染后不会直接对怀孕产生影响，但孕后期会导致胚胎发育畸形，出现流产和胎停育。
HPV感染即使是阳性表现，虽然不会影响患者的胚胎着床妊娠，但是HPV是病毒，具有传染性，能够通过胎盘屏障传染给胎儿。在妊娠后期，会因为HPV病毒的作用，导致胚胎的正常发育受到干扰，最后结果可能是胚胎畸形或者胚胎停止发育，最后导致流产或者早产。不过这些是个概率性的问题。还是可能胚胎正常发育到分娩的，在长到一两岁的而时候，这个时候婴幼儿携带的病毒会逐渐的消退，不影响身体的健康。因此，建议HPV治疗之后，转阴的情况下，再进行备孕以及怀孕，最大可能的保证胎儿的发育不受外界病原微生物的干扰。并且，HPV感染后宫颈癌的发生率会增大，严重影响患者的身体健康，因此，为自己、为伴侣以及为后代的考虑，患者都应当积极主动的进行HPV的治疗。
总之，女性患者HPV感染之后虽然不会影响怀孕这个过程。但是，由于HPV的传染性以及致病性，会导致胚胎的发育障碍以及妊娠的进程中断。因此，需要积极的治疗HPV，使之转阴，然后再进行备孕和怀孕，这样才能够避免胎儿的不良结局。