接种九价疫苗后主要的副作用就是接种部位出现疼痛、肿胀的症状，部分人群可能会出现注射部位结节，少部分人会出现低热、头痛、恶心、头晕等症状。
九价HPV疫苗是灭活病毒疫苗。注射的副作用与其他的疫苗一样，可能会出现一些类似的不良反应，比如注射部位的红肿、硬结、疼痛等。九价疫苗属于免疫制剂，每个接种的患者体质不一样，机体对疫苗的免疫反应存在差异，注射后可有低热、头晕、头痛等上呼吸道感染的症状，症状轻微。过敏反应是疫苗接种后最常见的一种副作用，这种副作用的发生与患者的体质有关，存在过敏体质的人群，接种疫苗后可能会出现过敏症状，表现为皮疹、红斑、皮肤瘙痒，严重的可能引起过敏性休克。部分患者免疫系统对疫苗的反应比较强烈，接种疫苗后会引起发热症状，这种症状比较常见，影响不大，一般可以通过多喝水及物理降温的方法进行处理。对于接种后出现不良症状的患者，需要根据具体的情况做进一步的处理和治疗。
九价HPV疫苗副作用不明显，出现的概率较低，相对比较安全。能够起到预防多种乳头状瘤病毒感染引起的宫颈癌及尖锐湿疣的发生。如果患者有机会接种HPV疫苗，建议及时接种。