女变男手术主要分为子宫及双侧卵巢切除、乳房过多组织切除、睾丸假体植入、阴茎成形术这几个过程，手术相对比较复杂。
女变男手术过程分为好几部分，首先手术需要把女性的内生殖器官摘除，包括子宫、双侧卵巢、输卵管。同时需要进行妇科手术，切除子宫可由阴道拖出，保留部分阴道前壁，将阴道前壁与尿道板缝合形成部分尿道，然后再把阴道进行闭锁，同时还需要把尿道原来在尿道口的位置进行提升，提升到接近男性阴茎的位置，将皮瓣卷成管状，与前面做成部分尿道吻合，形成前端尿道。通过自身组织再造1个阴茎，在阴茎的基础上，再度重建尿道和阴茎的支撑体。这个下体手术的全过程，可能需要做3-4次手术，每次手术的时间需间隔3个月左右。除此之外，胸部的手术，通常是乳房切除术，根据乳腺、乳房的具体大小，选用不同的切口和不同的方法完全将其切除。最后再通过面部整形男性化手术和甲状软骨变小修补术调整，就能以男性的身份正常生活。
女变男手术复杂，但术后疤痕隐蔽，无手术并发症与后遗症，只要病人能够习惯成为男性后的生活，就不会有过多的困扰。