艾灸时间太长会让艾火的供热过大，从而造成皮肤烫伤。如果医护不当，可能会导致皮肤破溃，乃至感染。
艾灸的时间最好在30-40min，如果是儿童，时间应该缩短在20min左右。过长时间的灸疗会有相关的副作用。1、艾灸的药性为芳香、辛散，燃烧时艾叶油挥发会产生烟雾，过长时间被动吸入可刺激呼吸道，导致咽痒、咳嗽等；2、艾灸治疗时表皮的温度能达到56-60℃，且皮下的温度也能达45℃，通过温热的刺激直达穴位的深部，时间过长就会造成局部皮肤出现小水疱，灼痛造成轻度烫伤；3、过久的艾灸会使局部皮肤鲜红，出现红色的斑疹伴瘙痒，造成过敏性的皮炎。一般除了时间问题，艾灸的副作用主要表现在错误地判断了身体的体质，错误地选择了艾灸的穴位，从而造成了身体的不适。艾灸几乎没有什么副作用，只要操作方法得当，穴位掌握准确，对人体一般是不会产生不良反应的。
艾灸是一种物理和药理结合的中医疗法，由于体质和症状不同，灸后可能引起皮肤潮红，口干，全身不适等症状，这些症状一般是不需要担心的。灸后及时地补充水分，休息，注意局部灸疗部位护理，防止感染。