新生儿防疫针本可以在卫生院、防疫站、社区服务中心办理以及居住地指定的管理地点，可根据个人情况来选择合适的办理方式。
一般新生儿出生后，医院会给进行乙肝疫苗和卡介苗的注射，之后形成新生儿的个人防疫记录卡。在家长户籍地出生的孩子，家长可直接凭防疫记录卡以及新生儿出生证明、父母身份证复印件及其他相关证明等证件，直接去卫生院、防疫站或社区服务中心办理防疫针本。如果新生儿没有出生在家长的户籍地，则家长需要去咨询当地医院或相关机构，到居住地指定的管理地点办理防疫针本。需要注意的是，新生儿出生三个月以内，一定要办理防疫针本，超过三个月就不能办理了。办理防疫针本后，家长要注意上面接种疫苗的种类与时间，按时带孩子去打疫苗，且打疫苗时要与医生确认，以免出现疏漏。
新生儿的防疫针本有每一次防疫针注射的详细记录，是新生儿成长后进入幼儿园或托儿所的一种必备凭证，因此家长一定要妥善保管。如果不慎遗失，可以去户口所在地的疾病预防控制中心或接种点补办。