灰指甲的治疗是个长期过程，治疗周期通常在2至4个月左右，因个人患病部位和病情轻重差异，治疗时间也有区别。患者需遵医嘱按疗程使用药物治疗，可尽快改善症状，缓解病情。
由于口服药物可能会给肝功能造成一定损害，灰指甲患者可以选用外用抗真菌感染药物进行治疗，常见的有如亮甲牌复方聚维酮碘搽剂，该药物所含的聚维酮碘能够释放出有效碘，对甲下、甲床患处真菌起到较好的杀灭效果；亮甲中含有的阿司匹林具有消炎、止痒的疗效，被吸收后可分解出水杨酸，有助于药液渗透，使药物有效成分直达患处，帮助提升药物治疗效果。患者通常需要使用亮甲牌复方聚维酮碘搽剂约三个月左右，可见症状得以改善。此外，如果患者肝功能无异常，也可酌情在医生指导下联合口服药物进行治疗，常见的有球红霉素、氟康唑等，也能够减轻病情，治疗灰指甲。
在进行药物治疗的同时，需要调整生活习惯，以降低复发或加重感染的风险。患者平时应当穿宽松、透气舒适的鞋袜，定期清洗贴身物品；不要与他人共用拖鞋、毛巾、洗脚盆等；做好个人卫生，定期清洁并对手脚部位进行消毒处理，可有效降低感染风险。