生殖器疱疹目前尚无彻底治愈的方法，容易出现复发，尤其是生殖器单纯疱疹病毒-2型感染者。首次复发多发生于原发感染的1-4个月内。复发的频率因人而异，一般来说第一年内一般复发5-8次，以后每年复发次数会减少一次。引起复发的原因也不明确，常见的原因是免疫缺陷、生殖器和皮肤的损伤、性交、还有月经、酗酒、受寒、发热等这些因素有关。