乳腺囊肿的治疗分一般治疗和手术治疗。
多数较小的乳腺囊肿无需手术治疗，临床以随诊观察为主。部分恶性肿瘤，如乳腺黏液癌以囊肿为主要表现，因此乳腺囊肿如出现囊壁增厚、囊壁赘生物等表现，可考虑切除，活检以明确诊断。如果是恶性还需要进行扩大性切除。大于1cm的可考虑手术，需切除时，应注意完整切除乳腺囊肿。如为恶性病变，应按照乳腺癌原则治疗。乳腺囊肿多数为良性病变，但不能因为良性病变而忽略，如果小于1cm应定期到医院检查，每三个月进行一次，无增长可继续观察，增长较快、较明显并伴有不适的症状，需要及时手术治疗。
治疗有保守治疗及手术治疗两种，主要根据囊肿大小、性质和质地决定。