手术刀消毒主要包括酒精消毒、超声波清洗、含氯消毒液清洗。
第一步，用75%酒精棉球去除肉眼可见的污物，放入专用的器械回收盒加酶浸泡，密闭暂存，然后运送到消毒室。
第二步，通过超声波清洗机加酶清洗后，在流动水下手工刷洗或漂洗。清洗完毕后的手术刀放入500mg/L含氯的消毒液中，浸泡30分钟后软水漂洗，或用100℃的沸水煮开5分钟后用软水漂洗。
第三步，采用物理消毒灭菌法或化学消毒灭菌法对手术刀进行灭菌，然后进行灭菌监测。
手术刀要储存在无灰尘、无虫类、无寄生虫、避免阳光直射的环境中，并且温度保持在22到24℃，储存位置必须至少离地面25厘米，离天花板40厘米。