黑枸杞的作用有很多，主要包括改善皮肤、预防癌症、改善睡眠、明目。
黑枸杞中含有大量的花青素。而花青素具有抗氧化作用，能消除人体自由基，防止皮肤皱纹的生成，具有显著的抗衰老的作用，同时花青素是天然的阳光遮盖物，能够阻止紫外线侵害皮肤，保护皮肤，最终起到改善皮肤的作用。其中，花青素消除自由基的功效，还可让癌细胞无法顺利扩散，保护更多健康的细胞免于被癌细胞侵蚀，从而起到预防癌症的作用。此外，花青素还能穿越血脑屏障，可保护脑神经不被氧化，同时稳定脑组织功能，保护大脑不受有害化学物质和毒素的伤害，改善睡眠的质量。除了花青素，黑枸杞还含有丰富的胡萝卜素、维生素A1、B1、B2、C以及各种眼睛所需的营养矿物质，因此适量服用可以起到明目的作用。需要注意的是黑枸杞不能多吃，否则不仅起不到明目的效果，还会导致眼睛视力模糊。
还有些人是不能吃黑枸杞的，如在感冒发烧、身体有炎症、腹泻的人、平日膳食以食肉为主且脸色泛红光的人群以及患有高血压且性情急燥者都不宜食用黑枸杞。