999感冒灵的副作用有嗜睡、肝功能受损、兴奋神经、胃疼等，由于人体的体质不同，服用后出现的副作用也不相同。
999感冒灵是一种浅棕色的颗粒，冲泡服用，味微甜或微苦，主要成分有野菊花、对乙酰氨基酚、马来酸氯苯那敏、咖啡因等，常见用于治疗因感冒引起的流涕、头痛、咽痛等症状。部分人群在服用999感冒灵后出现嗜睡的现象，是由于含有的对乙酰氨基酚与马来酸氯苯那敏成分在缓解流涕、头痛等感冒症状的同时，容易导致人体出现嗜睡的副作用，因此驾驶员或高空作业的人员不宜服用；对乙酰氨基酚属于非甾体类抗炎药，虽说999感冒灵药物中的含量较小，但如果大量且长期服用，会对肝功能造成一定程度的损伤和影响。999感冒灵中含有咖啡因的成分，部分对咖啡因敏感的人群，服用后出现神经兴奋的现象；同时由于药物中含有咖啡因，胃炎患者服用后，将加重胃部的不适症状，出现胃疼的现象。
多数药物都会有副作用，因此病人在服用药物时，提前了解其不良反应，向医生反应自身情况，选择正确的服用时间与服用剂量，切勿过量服用。