新生儿服用益生菌的服用方式是温水冲调，服用时间是饭后20分钟吃，服用要求是冲好后及时服用。益生菌主要的作用是用于调节新生儿宝宝的肠胃功能。
新生儿益生菌的服用方式主要是用温开水进行冲兑或是直接将益生菌放入奶中给宝宝服用，但是目前推荐是温开水冲兑后服用，可以提高益生菌的作用。给宝宝喝益生菌，要控制好水的温度，不要用开水，会直接烫死益生菌，用35-40℃的温水刚刚好，以保证菌群的活性，然后将益生菌粉放入温水中，冲调后不适宜再加热服用，高温环境中的益生菌，活性会受到很大影响，益生菌用于调节肠道菌群，可以促进宝宝的消化吸收，有利于宝宝的发育，益生菌最好的服用时间建议选择在婴儿吃奶后20分钟，饭后胃酸的浓度会下降很多，此时再吃益生菌，有利于活菌顺利到达肠道，发挥作用，使得大多数益生菌更容易进入小肠，冲调好的益生菌，需要及时的饮用，如果益生菌冲好后，放置的时间过长，会降低服用的效果。
宝宝呕吐腹泻以及便秘情况严重，尽量在医师指导下使用益生菌或服用促进消化的药物，避免自行使用。平时也需要合理的喂养宝宝，尽量少量多餐。