CT对人体的伤害主要是电离辐射造成的伤害，只做一次不会伤害身体，但短期多次会影响身体的机能。
CT在临床上应用范围非常广泛，现在的CT技术对于电离辐射剂量都控制在安全范围之内，因此，偶尔1、2次的CT检查对于人体的危害不是很大。但是，CT是建立在X线基础之上的，X线的电离辐射对人体有损伤，接触射线时间越长，致病性越大，所以，如果长时间频繁的进行CT的检查，X线的剂量可以在身体内蓄积，剂量过高就会大量破坏人体的白细胞，使人体白细胞上午数量减少，从而导致机体免疫功能下降。另外，X线还可以对人体性器官、眼球及甲状腺造成不同程度的伤害。
如果短时间内过量或长期接受x线的辐射，会使人体的基因受到损伤，主要表现为致癌效应，以及造血等其他反面的损害。