新生儿益生菌一般需服用1-2周才会见效，如果新生儿自身体质弱、免疫力低，那么建议服用1-2个月时间。
益生菌是通过定殖在人体内，改变宿主某一部位菌群组成的一类对宿主有益的活性微生物。通过调节宿主黏膜与系统免疫功能或通过调节肠道内菌群平衡，促进营养吸收保持肠道健康的作用，从而产生有利于健康的单微生物或组成明确的混合微生物。益生菌有许多功效，能促进营养物质的消化吸收，维持肠道菌群结构平衡，提高机体免疫力，抑制肠道炎症，保护肠道粘膜屏障。如果新生儿食欲不振、消化不良或腹泻、大便干燥或者紊乱，可通过吃益生菌来改善，服用时间大概在1-2周。如果免疫功能低下，可吃益生菌预防，为巩固效果一般在1-2个月。如果是早产或剖腹产，自身益生菌不足时，为维持肠道菌群，也可适量补充益生菌。如果有服用抗生素，因为抗生素会杀死身体有益菌，令肠道菌群紊乱，所以同样可以适当补充益生菌，有助于菌群恢复平衡。
在服用益生菌时，要注意方法，可混入奶中或水中。如果新生儿身体健康良好，没有出现消化不良、腹泻等情况时，是不需要服用益生菌的。过多补充益生菌反而影响肠道菌群，而且长期服用，可能会影响新生儿自身免疫系统。