酵素益生菌是一种含有酵素和益生菌的保健食物。主要作用是调节胃肠道菌群，主要成分为酵素和益生菌。
酵素由水果，糖和低浓度酒精一起发酵而成。酵素益生菌对于人体来说，能够调节人的身体，改善消化，还能够促进吸收，帮助促进胃肠蠕动，改善胃肠内环境，促进体内排出垃圾及有害有毒物质，还可以加速胃肠道蠕动排出宿便，改善胃肠功能。在临床中主要适用于胃肠功能紊乱，肠道菌群失调的患者，针对便秘，腹泻，消化不良，恶心呕吐等症状具有较好的效果。酵素益生菌可以改善人体的新陈代谢，消化体内脂肪，减少体内热量，减轻体重，调整肠道的菌群平衡，并且还可以帮助肠道的消化，能够降解毒素，减轻肠道负担，帮助排出宿便，因此酵素益生菌对人体的肠胃有较大的帮助。
但不宜经常食用酵素益生菌，经常食用酵素益生菌会改变胃肠道内环境造成肠道内益生菌紊乱，会对酵素益生菌产生依赖，停止服用酵素益生菌后肠道短时间内无法恢复正常工作，会对胃肠道造成压力。