褪黑素服用在适当的范围内，出现副作用的可能性较少，若长时间服用将出现增加中风的风险、影响生殖器官的正常功能、造成失眠、抑郁症等副作用。
褪黑素常见（用）于清除体内的自由基，抑制皮肤氧化的药物之一，多用于医美行业。褪黑素服用的时间一般在夜间，此时服用含有松果体素，会增强褪黑素的酶类的活性，进而增加美白的效果，但长期且大量服用能增加体内松果体的含量，可能会促进大脑血管的收缩功能，增加了中风的风险。褪黑素主要作用于下丘脑，将影响垂体-性腺轴（激素）的释放，降低性腺激素、黄体生成素以及雌激素和孕激素的含量，长期服用将减退男性的性欲，导致女性不孕不育。褪黑素可治疗失眠，间接的调节中枢的神经系统。长期服用对褪黑素的耐药性增强，造成睡眠节律的紊乱、失眠严重的问题。褪黑素保健品的生产与售卖，不在政府的规范管理之内，安全性无法彻底的验证，因此服用不安全的药物后，会影响神经系统的正常，导致抑郁症的出现。
褪黑素属于激素类的药物，会有影响生理功能正常运转、睡眠节律、大脑神经等，选择褪黑素时，需要咨询医生，在正规药店选择购买服用。